ریشه‌های آیکیدو نوین در آیکی جوجوتسو ژاپن قرار گرفته است. در این عهد بوجوتسو با روشهای کلاسیک تمرینات رزمی نقش برجسته‌ای در پدیدار گشتن طبقه جنگاوران در مهارتهای دفاع با دست خالی در کنار شیوه استفاده از سلاح آموزش داده می‌شد آیکی جوجوتسو تنها یکی از چند نوع شیوه‌ها و سبک‌های مبارزه بود. در تمام آنها نظرات سخت انضباطی اعمال می‌شد و اعضا موظف به حفظ کامل اسرار بودند که به تمرین این روشها و فنون به دیده احترام بنگرند.گفته‌اند که آیکی جوجوتسو توسط جنگاوری فاضل به نام شاهزاده تی جون فرزند امپراتور سیوا ابداع شده است. روش تی جون بر اساس ضربات شمشیری دست خالی که نقاط مختلف باز زره حریف را مورد هدف قرار می‌داد استوار بود. یکی از فرزندان تی جون به نام تسوته موته محدوده فنون را گسترش داد و تاکید را بر ما آی ( تشخیص فاصله بین خود و حریف) گذاشت. این توانایی برای تمام جنگاوران لازم بود زیرا که آنان بایستی خود را آماده رویارویی با سلاحهایی با طولهای مختلف می‌کردند. یوشی میتسو سردار برجسته از هنرهای رزمی آگاهی بسیاری داشت. وی فردی بود که آگاهیهای بسیاری در زمینه اطلاعات پزشکی داشت. او این اطلاعات را بر اثر علاقه به کالبدشناسی انسان کسب کرده بود. گفته می‌شود که وی این اطلاعات را از راه تشریح اجساد جنگاوران مرده به دست می‌آورده. وی با بکار بردن فنون رایج به شیوه‌های ماهرانه که وی را قادر می‌ساخت کنترل بیشتری روی حریفانش بدست آورد موجب توسعه و پیشرفت آی جوجوتسو گردید. وی دریافت که دست و مچ‌های جنگاوران چون محکم و پوشیده شده نیستند معمولاً آسیب‌پذیر هستند و بنابراین فنونی ابداع کرد که آنها را برای آسیب زدن به این نقاط به کار برد . وی این ساختار را " دایتو ریو آیکی جوجوتسو" نامید که بعد از مرگش دایتو نامیده شد . یوشی کیو پسر یوشی میتسو که خود نیز جنگاوری کارآزموده بود با اضافه کردن شیوه‌ای که جنگاوران بدون سلاح می‌توانستند از آن در مقابل شمشیرهای کوتاه و بلند استفاده کنند . تعداد فنون این روش را افزایش داد . یوشی کیو همچنین شاگردانش را وادار به تمرین در مقابل شمشیرهای کوتاه و بلند که یک نوع نیزه شکافنده بود می‌کرد . وی به خاطر تغییر محل اقامتش فامیلی خود را تغییر داد در اواخر قرن نوزدهم که ژاپن در آستانه بیرون آمدن از انزوا قرار داشت . سوگاکوتاکه دا سی و یکمین فرد از نسل تاکه دا تصمیم گرفت که شیوه خانواده را دوباره احیا کند . پس از مدتی این شیوه را جا انداخت و مدرسه‌ای در هوکایدو واقع در استان آباشیری افتتاح کرد . دیری نپایید که کارش گرفت و افراد ارتش در آنجا به یادگیری پرداختند . توکی مونه تاکه دا پسر وی کار را ادامه داد و مدرسه را " دایتون کان " نامید . نامی که تاکنون حفظ شده است در این مدرسه بود که فردی به نام " موریهه اوشیبا" تحصیل کرد . او که خود استاد مسلم هنرهای رزمی بود تحت تأثیر " سوگا کوتاکه دا " با معرفی بهترین هنرهای رزمی دیگر و ارایه برخی از عقاید خود به پیشرفت برنامه آموزشی مدرسه کمک کرد . وی خیلی زود یکی از برجسته‌ترین شاگردان " سوگا کوتاکه دا " گردید . یوشیبا در زمان قدرت واکایاما در ژاپن متولد شد . وی مرید هنرهای رزمی بود . او تمام پول خود را در راه یادگیری زیر نظر بهترین استادها در جهان صرف کرد . او اشتهای سیری ناپذیری جهت یادگیری هرچه بیشتر روشها داشته است . وی در جنگ جهانی دوم در ارتش ژاپن در جنگ با روسها دلاوریها و مهارت خود را به نمایش گذاشت تا جای که به او لقب خدای سربازان را دادند . وی پس از جنگ به شغلهای بسیاری پرداخت ولی به خاطر بهبود مهارت رزمی خود در رنج بود زیرا که آرزو داشت که شکست ناپذیر گردد . در این دوران بود که با راهبان بودایی برخورد و به فلسفه آنها گوش فرا داد و بر اثر آن به تردید افتاد که هنرهای رزمی نباید فقط مختص حمله به شخص دیگر یا به زمین زدن انسان‌ها باشند . وی تصمیم گرفت که این فلسفه را دنبال کند . لذا شخصا وارد معبد گردید و هر روز ساعات زیادی را به خلوت و تنهایی می‌گذراند و به مفهوم حقیقی هنرهای رزمی پی برد. وی دریافت که هنرهای رزمی نباید مختصرا وابسته به قدرت باشند بلکه بایستی راهی برای پیشرفت روح و جسم و رسیدن به صورت آنها باشند . آیکی جوجوتسو آنگونه که تمرین می‌گردید این فلسفه را مطرح نمی‌کرد . بنابراین وی تصمیم گرفت تا هنر جدیدی را ابداع کند که سرشار از اصل هماهنگی روحی و جسمی مورد نظرش باشد . وی این هنر را آی کی نامید و همانند دیگر هنرهای رزمی پسوند جوتسو به معنای هنر جنگیدن را از آن حذف کرد و واژه دو را به معنای راه را که نشان دهنده ملایمتر شدن است به جای آن برگزید . ورزش "آیکیدو" در سال 1940 میلادی از طرف حکومت ژاپن به رسمیت شناخته شد .